Iнструкцiя користувача
Зміст
- Підключення до обчислювального кластера ИРЕ НАН України
- Програмні ресурси кластера
- Система локального управління ресурcами Torque
- Грід-кластер ІРЕ НАН України
Підключення до обчислювального кластера ИРЕ НАН України
Linux клієнт
ssh user@gdeveloper.ire.kharkov.ua
Windows клієнт
У якості ssh-клієнта для ОС Windows Вы можете використовувати PuTTY. Не забудьте вказати в налаштуваннях кодировку UTF-8:
![]() |
![]() |
Обмін даними з кластером
Для Linux клієнта Вы можете використовувати scp (докладніше – man scp), а також більш зручні утиліти, такі як Midnight Commander (докладніше – man mc):
![]() |
![]() |
Для Windows клієнта Вы можете використовувати WinSCP:
![]() |
Програмні ресурси кластера
ORCA
http://www.mpibac.mpg.de/bac/logins/neese/description.php
Для запуска завдання через грід рекомендуємо використовувати скрипт /opt/orca/grid-orca.sh. Для постановки завдання у локальну чергу використовуйте скрипт /opt/orca/qsub-orca.sh
CPMD
GAMESS
http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess
NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Бібліотека Intel MKL
http://software.intel.com/en-us/intel-mkl
Бібліотека GSL
http://www.gnu.org/software/gsl
Система локального управління ресурсами Torque
Управління завданнями
Для того, щоб поставити програму рахуватися в чергу завдань, необхідно скласти відповідне завдання у вигляді скрипта. Повну документацію з його складення та використання системи управління завданнями можна прочитати тут:(http://www.clusterresources.com/torquedocs21/usersmanual.shtml). У скрипті Ви повинні виконати перехід у робочий каталог (де знаходиться Ваша програма) або використовувати абсолютні шляхи (це стосується і файлів виводу). Готовий скрипт ставиться у чергу командою qsub qsub :
qsub task.sh
9694.cluster
Подивитися стан завдання Ви можете командою qstat :
qstat -a
console:
Job ID Name User Time Use S Queue
-------------------- -------- -------- ---------------- --------------------
9694.cluster task.sh user 00:08:15 R batch
Щоб видалити завдання з черги, скористуйтеся командою qdel :
qdel 9694
Грід-кластер ІРЕ НАН України
Кластер ІРЕ НАН України працює у складі інфраструктури Українського Національ гріда(УНГ) . Для використання обчислювальних ресурсів грід користувачеві необхідно мати діючий персональний цифровий сертифікат. Для його отримання необхідно звернутися в Національний сертифікаційний цент.
Наш грід-кластер працює під управлінням проміжного програмного забезпечення Nordugrid ARC. Для ефективної роботи в цьому середовищі рекомендуємо вивчити документацію (тут) на сайті розробника, особливо інструкцію користувача (викласти файл arc-ui.pdf).
Корисні посилання:
- Сайт Державної цільової науково-технічної програми впровадження і використання грід-технологій на 2009-2013 роки.
- Сайт базового координаційного центру УНГ.
- Регіональний операційний центр УНГ.
- Сайт базової віртуальної організації «Інфраструктура».
- Сайт Українського національного сертифікаційного центру.