Iнструкцiя користувача

Зміст

  1. Підключення до обчислювального кластера ИРЕ НАН України
  2. Програмні ресурси кластера
  3. Система локального управління ресурcами Torque
  4. Грід-кластер ІРЕ НАН України

Підключення до обчислювального кластера ИРЕ НАН України

Linux клієнт

ssh user@gdeveloper.ire.kharkov.ua

Windows клієнт

У якості ssh-клієнта для ОС Windows Вы можете використовувати PuTTY. Не забудьте вказати в налаштуваннях кодировку UTF-8:


PuTTY
PuTTY

 

 

 

Обмін даними з кластером

Для Linux клієнта Вы можете використовувати scp (докладніше – man scp), а також більш зручні утиліти, такі як Midnight Commander (докладніше – man mc):

Midnight Commander
Midnight Commander

Для Windows клієнта Вы можете використовувати WinSCP:

 

 

 

WinSCP

 

 

 

 

Програмні ресурси кластера

ORCA

http://www.mpibac.mpg.de/bac/logins/neese/description.php
Для запуска завдання через грід рекомендуємо використовувати скрипт /opt/orca/grid-orca.sh. Для постановки завдання у локальну чергу використовуйте скрипт /opt/orca/qsub-orca.sh

CPMD

http://www.cpmd.org

GAMESS

http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess

NAMD

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd

Бібліотека Intel MKL

http://software.intel.com/en-us/intel-mkl

Бібліотека GSL

http://www.gnu.org/software/gsl

 

Система локального управління ресурсами Torque

Управління завданнями

Для того, щоб поставити програму рахуватися в чергу завдань, необхідно скласти відповідне завдання у вигляді скрипта. Повну документацію з його складення та використання системи управління завданнями можна прочитати тут:(http://www.clusterresources.com/torquedocs21/usersmanual.shtml). У скрипті Ви повинні виконати перехід у робочий каталог (де знаходиться Ваша програма) або використовувати абсолютні шляхи (це стосується і файлів виводу). Готовий скрипт ставиться у чергу командою qsub qsub :

qsub task.sh
9694.cluster

Подивитися стан завдання Ви можете командою qstat :

qstat -a

console:

Job ID                Name       User         Time           Use S Queue
-------------------- -------- -------- ---------------- --------------------
9694.cluster         task.sh     user       00:08:15            R batch

Щоб видалити завдання з черги, скористуйтеся командою qdel :

qdel 9694

Грід-кластер ІРЕ НАН України

Кластер ІРЕ НАН України працює у складі інфраструктури Українського Національ гріда(УНГ) . Для використання обчислювальних ресурсів грід користувачеві необхідно мати діючий персональний цифровий сертифікат. Для його отримання необхідно звернутися в Національний сертифікаційний цент.

Наш грід-кластер працює під управлінням проміжного програмного забезпечення Nordugrid ARC. Для ефективної роботи в цьому середовищі рекомендуємо вивчити документацію (тут) на сайті розробника, особливо інструкцію користувача (викласти файл arc-ui.pdf).

Корисні посилання: