Руководство пользователя

Содержание

  1. Подключение к вычислительному кластеру ИРЭ НАН Украины
  2. Программные ресурсы кластера
  3. Система локального управления ресурcами Torque
  4. Грид-кластер ИРЭ НАН Украины

Подключение к вычислительному кластеру ИРЭ НАН Украины

Linux клиент

ssh user@gdeveloper.ire.kharkov.ua

Windows клиент

В качестве ssh-клиента для ОС Windows Вы можете использовать PuTTY. Не забудьте указать в настройках кодировку UTF-8:


PuTTY
PuTTY

Обмен данными с кластером

Для Linux клиента Вы можете использовать scp (подробнее – man scp), а также более удобные утилиты, такие как Midnight Commander (подробнее – man mc):

Midnight Commander
Midnight Commander

Для Windows клиента Вы можете использовать WinSCP:

WinSCP

Программные ресурсы кластера

ORCA

http://www.mpibac.mpg.de/bac/logins/neese/description.php
Для запуска задания через грид рекомендуем использовать скрипт /opt/orca/grid-orca.sh. Для постановки задания в локальную очередь используйте скрипт /opt/orca/qsub-orca.sh

CPMD

http://www.cpmd.org

GAMESS

http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess

NAMD

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd

Библиотека Intel MKL

http://software.intel.com/en-us/intel-mkl

Библиотека GSL

http://www.gnu.org/software/gsl

Система локально управления ресурсами Torque

Управление заданиями

Для того, чтобы поставить программу считаться в очередь заданий, необходимо составить соответствующее задание в виде скрипта. Полную документацию по его составлению и использованию системы управления заданиями можно прочитать тут:(http://www.clusterresources.com/torquedocs21/usersmanual.shtml). В скрипте Вы долны осуществить переход в рабочий каталог (где находится Ваша программа) либо использовать абсолютные пути (это касается и файлов вывода). Готовый скрипт ставится в очередь командой qsub qsub :

qsub task.sh
9694.cluster

Посмотреть состояние задания Вы можете командой qstat :

qstat -a

console:

Job ID                Name       User         Time           Use S Queue
-------------------- -------- -------- ---------------- --------------------
9694.cluster         task.sh     user       00:08:15            R batch

Чтобы удалить задание из очереди, воспользуйтесь командой qdel :

qdel 9694

Грид-кластер ИРЭ НАН Украины

Кластер ИРЭ НАН Украины работает в составе инфраструктуры Украинского националього грида (УНГ) . Для использования вычислительных ресурсов грид пользователю необходимо иметь действующий персональный цифровой сертификат. Для его получения необходимо обратиться в Национальный сертификационный цент.

Наш грид-кластер работает под управлением промежуточного программного обеспечения Nordugrid ARC. Для эффективной работы в этой среде рекомендуем изучить документацию (тут) на сайте разработчика, особенно инструкцию пользователя (выложить файл arc-ui.pdf).

Полезные ссылки: